Aquaponik menggabungkan akuakultur (pemeliharaan ikan) dan hidroponik (budidaya tanaman tanpa tanah) dalam kondisi simbiotik. Keberhasilan sistem aquaponik sangat bergantung pada manajemen kualitas air. Pengelolaan yang tepat diperlukan untuk kualitas air yang buruk karena dapat membahayakan kesehatan ikan dan pertumbuhan tanaman. pH, suhu, kadar oksigen terlarut (DO), dan ammonia. Strategi untuk mengendalikan kualitas air dalam sistem aquaponik adalah komponen penting dalam manajemen kualitas air. Sistem aquaponik yang berkelanjutan, penelitian menunjukkan bahwa untuk menjaga keseimbangan ekosistem, tindakan pencegahan dan pemantauan harus rutin dilaksanakan. Hasil penelitian yang telah dilaksanakan adalah pengelolaan kualitas air untuk kolam akuaponik dilakukan dengan pemberian kaporit untuk menetralkan pH air. Upaya untuk mengantisipasi kematian pada ikan dan sayur kangkung dilakukan pemantauan kualitas air dan pemberian nutrisi secara langsung yang bertujuan untuk mencegah daun sayur berubah warna menjadi kuning yang diakibatkan oleh kekurangan nutrisi. Parameter kualitas air pada saat penelitian masih termasuk dalam kondisi optimum dengan nilai suhu : 26,5 – 30,5ºC, pH : 6,4 – 8, dan DO : 3,2 – 7,1 mg/l.
